دومین فیلم از سری محبوب و پرطرفدار تاندربولت. زمین، هشت ماه پس از پایان جنگ یک‌ساله. کاپیتان مونیکا یک ماموریت مخفی به نام «عملیات تاندربولت» را آغاز می‌کند و «ایو» را برای هدایت اطلس گاندام برمی‌گزیند. او کشتی فرود تهاجمی اسپارتان را به بخشی از اقیانوس هدایت می‌کند که تحت کنترل موثر اتحاد دریای جنوب است. هدف آن‌ها به دست آوردن یا نابود کردن اطلاعات سایکو زاکو است که اکنون در اختیار این اتحاد قرار دارد. «داریل» که در نبرد خود با ایو دست بالا را داشت، به عنوان بخشی از نیروهای باقی‌مانده شاهنشاهی زیون به زمین فرود آمده است. به او نیز ماموریت داده شده تا اطلاعاتی درباره سایکو زاکو به دست آورد. ایو در حالی که در کنار رفقای جدیدش می‌جنگد، با فرمانده پیر، فرمانده پادگان مرزی اتحاد دریای جنوب روبرو می‌شود. در دریا، در دشت‌های یخی و در میان جنگل‌های انبوه، موبایل سوت‌های زیون، فدراسیون و اتحاد دریای جنوب با یکدیگر می‌جنگند. «جنگ هنوز تمام نشده است.»